简介：故事发生在维新政府建立之后的幕末时代。在一个小村庄里，生活着一位个性正直的少女神谷薰。村里有个名叫比留间五兵卫的男人，自称“拔刀斋”而到处作恶，阿薰为阻止五兵卫手持竹刀与之拼命，但却不是他的对手。五兵卫手起刀落，眼看阿薰性命难保，千钧一发之际，一位俊秀的红发剑士救下了她。 救下阿薰的剑心拿的是无法杀人的逆刃刀，却说自己就是杀人无数的“斩人拔刀斋”。阿薰对剑心产生了兴趣，她很想了解剑心的过去，想知道剑心为什么不再杀人，也希望剑心结束流浪生活，在自家的神谷道场安家，用剑去实现保护受苦受难之人的愿望……

简介：明治11年夏天，维新重臣大久保利通突遭暗杀。在这起事件背后，前维新志士志志雄真实（池田政典 配音）的身影渐渐浮现。当年他曾接任剑心担任刽子手，却最终遭到维新政府的背叛险致丧命。从地狱活转过来的志志雄，如今开始慢慢揭开“京都破坏计划”的黑幕。为了阻止志志颠覆明治政府的阴谋，密探集团——京都御庭番众的首领•翁交给遗孤少女卷町操（樱井智 配音）一项重要的任务，命她前去寻找曾经暗中支持着明治维新的刽子手拔刀斋——绯村剑心（凉风真世 配音）。操独自来到东海道，意外得知了心上人四乃森苍紫（安原义人 配音）的消息，而此时剑心也怀着和翁同样的目的启程前往京都。 　　剑心和操一路同行，最终在新月村遇到了志志雄及其亲信濑田宗次郎。双方的志向终究无法达成统一，一场正邪决战提前爆发了……

简介：* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。 星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。